O Santos sofreu muito para conseguir a vaga na terceira fase da Copa do Brasil. Diante do Fluminense-PI, a equipe da Vila Belmiro jogou pior, viu o adversário perder muitas chances claras de gol, mas conseguiu levar o jogo para os pênaltis e se classificar. No primeiro tempo, o Fluminense dominou a partida e teve boas chances: logo aos sete minutos, chute de Eduardo passou por cima após bate-rebate na área, e cabeçada do centroavante passou perto aos 13; aos 31, Mário Sérgio saiu na cara de João Paulo, mas o chute também foi para fora. Marcos Guilherme arriscou aos 35 e a bola foi rente à trave, na melhor chance do Santos no primeiro tempo. Aos 41, Mário Sérgio fez 1 a 0 para o time tricolor: após lateral na área, ele dominou a bola, girou e bateu no canto para marcar um belo gol.
No segundo tempo, o Santos teve um gol mal-anulado no início: Ricardo Goulart chutou e a bola entraria, mas Marcos Leonardo pôs o pé – ele estava em condição legal, o que o bandeira errou. Apesar do Santos frequentar mais o ataque na etapa final, o Fluminense do Piauí teve chances no contra-ataque: João Paulo defendeu chute de Willian Salvino e Gean saiu na cara do goleiro, mas bateu para fora. Para complicar ainda mais a situação do Santos, Camacho foi expulso pelo segundo amarelo. Pouco depois, a equipe paulista chegou ao empate: Pirani deu bom passe, Goulart dominou e bateu na saída do goleiro. A partida foi para os pênaltis, quando dois jogadores do time piauiense acertaram o travessão. O adversário do Santos na terceira fase será definido em sorteio.